In Situationen in welchen non-renale Einflüsse auf die Kreatinin- Konzentrationen im Serum erheblich sind - wie z.B. bei extremen Körpermassen, Leberzirrhose, Muskelerkrankungen, Paraplegie, streng vegetarischer Ernährung, Schwangerschaft- ergibt die eGFR keine verlässlichen Resultate. In diesen Fällen sollten bei entsprechendem Bedarf alternative Marker der Nierenfunktion (z.B. Cystatin C) verwendet werden.
Cystatin C wird in konstanter Rate von allen kernhaltigen humanen Zellen sezerniert und ist in allen Körperflüssigkeiten nachweisbar. Im Blutplasma ist die Konzentration des Cystatin C hauptsächlich abhänig von der GFR. Im Gegensatz zum Kreatinin und Harnstoff ist es also nicht vom Stoffwechsel abhängig. Grundsätzlich steigt es aber im Plasma bei Verschlechterung der Nierenleistung analog dem Kreatininwert an.